A terceira temporada começa com um resumo rápido de Touma para os novos espectadores e fãs da série, já que são muitas tramas e subtramas compondo o anime como um todo.
Após a escala global dos eventos da segunda temporada a Igreja Romana começa uma série de protestos, a Cidade Acadêmica por outro lado inicia uma exposição de novos equipamentos de contenção como trajes e tanques de guerra, o evento ocorre com colaboração de Shirai e Uiharu pela Judgment sendo acompanhadas por Misaka.
Enquanto a Judgment precisa se deslocar Misaka parece irritada por não receber uma resposta de Touma para uma mensagem, um dos alívios cômicos de início é o nervosismo de Misaka com a falta de atenção de Touma e por outro lado gera uma situação Kawaii com o celular com case de geko que ela tanto ama. O engraçado é que após o resumo o episódio conta com algumas distrações entre Index e Sphinx, isso parece bobo de início, mas é a base para uma volta no tempo que começa a soltar pontas da trama dessa temporada.
Index esta esperando Touma voltar da escola, e quando retorna ele se tocou que perdeu a carteira. Na tarde seguinte Touma, Fukiyose, Aogami e Tsuchimikado, são repreendidos por Yafune e Komoe por uma discussão de qual a melhor “coelhinha” que teve como final Fukiyose agredindo os outros 3 e assim a pena é retirar ervas daninha do fundo do prédio escolar. Logo ao saírem da sala Tsuchimikado se esconde para atender uma ligação misteriosa e após isso o que citei sobre os protestos da igreja Romana e a exposição da cidade Acadêmica começam.
A primeira parte do episódio é bem leve e descontraída trabalhando o comportamento dos personagens e a introdução de novos.
Não poderia faltar um momento cômico protagonizado sem querer por Fukuyose ao mostrar suas habilidades como arremessadora para Touma, assim que ela levanta as pernas para arremessar não se da conta que esta de saia, Touma fica sem jeito e apavorado, ela também e arremessa a esmo e ele toma uma bolada na cara.
Cortando a cena para Index e Sphinx, o gatinho foge e encontra uma senhora que ajuda Index na sua sequência de fome graças a Touma, aqui ficamos sabendo que Yafune é filha da senhorinha e tricotou o cachecol que ela usa, a cena corta de novo para Touma que entra na sala da Yafune que sem querer derrubou café na calça enquanto tricotava o que rendeu outra cena estilo ecchi com Touma em pânico. Após isso o primeiro encontro de Misaka e Touma acontece após ele tentar fugir de “problemas” definido por ele como “Biri biri”, ela pega o telefone de Touma e descobre que ele tem foto com a mãe dela e até o endereço de email, porém mesmo com a irritação de Misaka tudo se esclarece dado ao nível de embriagues da mãe dela na visita.
Misaka conta sobre como as coisas pioraram na cidade Acadêmica e o papo muda drasticamente de tom e Touma some, Mikoto ainda conta que naquele 30 de Setembro elas começaram a socar como se fosse de propósito e o culpado nunca apareceu.
Ao se despedir de Index a senhora solta baixinho um “Me perdoe”, e logo depois tromba em Touma, aponta uma arma pra ele e diz que precisam conversar e já se desculpa pelo transtorno que causara em sua vida.
Em um lugar afastado a senhora se revela como membro do conselho Geral Acadêmico e diz que ha uma solução para as coisas, porque toda a situação não é efeito do que aconteceu em 30 de Setembro, mas sim um evento que vem se desencadeando a muito tempo e visa destruir toda a base criada pela cidade Acadêmica e por outro lado a cidade parece estar querendo usar a intensificação dos protestos para acabar com a outra face da ciência, conhecida como Igreja Romana. A solução base para tal seria o Imagine Breaker, a mão direita de Touma, já que sejam feitiços ou experimentos o poder zero da mão direita o anula o problema é que Touma não sabe quem é o inimigo e assim que o conselho geral souber desse contato entre Touma e um membro, a sanção será aplicada ao membro e se estendendo para toda sua família.
É aqui que Tsuchimikado e sua ligação la do início encontra sentido, a ligação misteriosa era com o membro do conselho, a senhorinha que estava com a Index, Oyafune Monaka que lhe deu ordens de informar as rotas de Touma, a temencia dela pela sanção se devia a Yafune e é assim que o amigo de Touma entra em cena e dispara contra a conselheira. Após uma discussão e alguns golpes de Touma, a senhora explica porque Tsuchikimado teve que atirar e assim conta todo o problema desse contato envolvendo e fica claro que Touma e Tsuchimikado vão ter embarcar em uma jornada ao Distrito escolar 23, França e a Igreja Romana em busca de um documento de Constantino que é uma espécie de tesouro.
No episódio seguinte de nome “A DESTRA DE DEUS” a jornada de Touma e Tsuchimikado já se inicia apresentando novos personagens e dando de fato início ao plano de tentar impedir que a Igreja Romana e Cidade Acadêmica se destruam.